Принтеры и МФУ Epson раньше всех начали использовать специальные чипы в картриджах, сообщающие устройству о количестве чернил. Скаждой новой моделью Epson, усложняет конструкцию чипов. Сначала выпучкались 7-пиновые чипы, на которые, через некоторое время, появились устройства обнуления счётчика чернил. Новое поколение 9-пиновых чипов снабжены електронным счётчиком чернил, а такжеустройством физического обнаружения чернил, датчиком наличия В русско-украинском варианте 9-пиновые чипы не обнуляются, а в Европейском варианте, программаторы для их обнуления, существуют. Вданной статье мы рассмотрим вопрос взаимодействия принтера и чипа.    Предохранители просто так не горят... 
Обратите внимание, что шины (линии) опроса "памяти" чипов, в частности : CDA1 и SCK (данные и тактовая частота опроса) идут не только на IC1 платы CSIC, но и в обход её на контакторы чипов. А вот контакты датчиков чернил чипов - только на IC1. Полагаю, что IC1 как раз и отвечает за опрос датчиков наличия чернил...
Я не знаю, как работает алгоритм определения ... все-ли картриджи (чипы) установлены... но, ИМХО, каким-то образом принтер ЭТО знает. 
...так, например, на платах CSIC 7-ми пиновых чипов была цепь, которая замыкалась только при установке ВСЕХ чипов. При отсутствии хоть одного цепь была разомкнута, и принтер "знал" - одного их картриджей нет. Кстати, проверку это там легко было обмануть, замкнув ЭТУ цепь прямо на плате.
Так вот, зная, что не все чипы (картриджи) установлены, принтер, тем не менее, может опросить имеющиеся, и определить - "свои" они для него, или нет... количество чернил в "памяти" чипа... в том числе. НО, как только принтер узнаёт, что стоят ВСЕ... он требует данные от IC1. А IC1 запитана через F1. Вот почему при обрыве F1 ... принтер... N-1 картридж видит, а ВСЕ N - нет. 
Как вариант - у Вас при процессах, приведших к сгоранию F1, была повреждена и IC1 на плате CSIC... 
... Что касается прошивки - приведенная Вами ссылка на стандартную процедуру при смене платы ... предусмотрена для того, чтоб "быстро" перенести в ЕЕПРОМ новой платы индивидуальные настройки принтера. Такие, как ID головы, ID USB, ... механику : Bi-Direct, Ferst Dot, установку PW Sensor.... Я не вижу среди этих параметров, что повлияло-бы на определение чипов. Справедливости ради надо отметить, что в некоторых моделях Регион аппарата определяет НОМЕР картриджа... Но у Вас-то определяемые картриджи признаются "родными", т.е. с "этим делом" всё в порядке...
Кстати, механизм замены платы в случае, если данные ЕЕПРОМ для переноса считать со старой не удается, предусматривает следущий алгоритм : Инициализация ЕЕПРОМ (при этом в ЕЕПРОМ прописывается конкретная модель аппарата и данные для региона) и ручная настройка индивидуальных параметров. Результат этих действий тот-же, что и после процедуры переноса даннах "EEPROM data".
НО !!! повторюсь - ИМХО - причина трабла в "аппаратной части"...



Вроде я неоднократно своё... ИМХО озвучивал...
...мне кажется, что:
Первоначально Эпсон не ставил преды на защиту усилителя : http://mag54.newmail.ru/Epson/F1%20EPSON/St1000.jpg , то-ли сопел (потребление тока) было мало, то-ли конструкция головы, то-ли ... в общем, не горели они...
Потом понадобилась защита, и одним предом защитили и усилитель, и драйвер, и цепи головы по постоянке : http://mag54.newmail.ru/Epson/F1%20EPSON/S...les/Shema_2.jpg . Поскольку потребление головы и драйвера существенно меньше, чем усилителя, F1 их фактически не защищал. 
Поэтому следущий шаг - введения слаботочного F2 именно для них : http://mag54.newmail.ru/Epson/F1%20EPSON/S...les/Shema_3.jpg . Причем уже тогда у МФУ нумерация встречалась "обратная" : http://mag54.newmail.ru/Epson/F1%20EPSON/CX6600.jpg . 
На последних моделях количество сопел резко возросло ( значит, и ток усилителя... не зря каскад "сдвоили") а в БП ввели защиту по току. Поэтому "сильный" пред защиты усилителя убрали (ну не 5-же ампер ставить), электронная защита БП справляется при пробое усилителя существенно эффективнее преда, а вот слаботочный остался. http://mag54.newmail.ru/Epson/F1%20EPSON/S...files/R-270.jpg Теперь он защищает не только драйвер усилителя и цепи головы по постоянке, но и микруху выбора - контроля датчиков чернил на плате CSIC : http://mag54.newmail.ru/Epson/Other/R270_390/ Появился известный трабл - если пред сгорел - ВСЕ чипы аппарат не видит, без одного - остальные видит.
Ну а почему у принтов обозначение, судя по схемам, осталось F2, а на некоторых МФУ - F1... я и на СХ6600 шутки не понял...
вот как-то так.

По принтерам большого формата!
Одна группа черных дюз, через которую печатает и черный матовый и черный фото, отсюда и заморочки, т.к. при смене картриджа необходимо промыть чернилами весь "чернилопровод" от картриджа до головы, чтобы выгнать оттуда чернила неправильного типа. У модели 2400 картридж втыкается в голову, там объем промывки маленький. У епсона 3800 сделали грамотно - в голове 8 групп дюз, но в принтер вставляется 9 картриджей, и до головы идет шлейф из 9 трубок. переключение черных чернил идет непосредственно в голове, из-за чего объем промывки при смене черного 2 мл при смене МК на РК, и 3.5мл в обратную сторону. А вот у моделей 48хх-78хх-98хх к голове идет именно 8-жильный шлейф, и при смене картриджа принтеру необходимо промыть чернилами всю трубку шлейфа, вот и уходят такие нецензурные объемы дорогих чернил в памперс. Кому сильно надо печатать обоими типами чернил, даже по 2 9800-х принтера покупают, именно чтобы черные картриджи не менять. Нормально по-человечески у епсона только в модели 11880, там 9 картриджей, и 9 групп дюз, никакой смены чернил не происходит.